Hola.
De nuevo muchas gracias por tu ayuda Jorge.
Como lo comentas, en el servidor donde está instalado el Liferay JBoss + Tomcat con sus dos instancias, está instalado un servidor Apache delante del servidor de aplicaciones; el problema concreto era de redireccionamiento, a continuación lo explico:
Al editar $JBOSS_HOME/server/default/deploy/jbossweb-tomcat55.sar/server.xml seguí al pie de la letra las instrucciones del manual, y definí como defaultHost a la primera instancia que se creo; a pesar de que todos los WARs ya estaban dentro del subdirectorio Deploy, nunca pude desplegarlos al ingresar a http://ip-del-servidor/war. Lo anterior quedó resuelto cuando definí como defaultHost a localhost (es decir, esa parte la dejé como estaba originalmente), entonces ahora ya funciona bien el redireccionamiento que hace el Apache y el despliegue de los WARs por parte de JBoss. Respecto a que http://instancia1.com/war desplegara los WARs y http://instancia2.com/war no lo hiciera, ya no tiene importancia.
Saludos.
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